Horatio et Calleigh, accompagnés de toute une équipe policière, se trouvent dans les marais à la recherche d’Eric Delko dont ils repèrent la veste. De son côté, Eric est blessé et après quelques kilomètres, il trouve enfin une route et un téléphone d’urgence. Il se hisse sur la route mais finit par s’évanouir. L’hélicoptère à sa recherche le repère et Horatio, ainsi que l’équipe de recherche, le retrouve enfin. Pendant son transfert à l’hôpital, Eric tombe dans le coma et l’on revient alors douze ans plus tôt, en 1997. Eric travaille alors comme dépanneur et trouve une BMW enfoncée dans les marais. Il treuille la voiture hors de l’eau et lorsqu’il ouvre le coffre, il découvre le corps d’une femme. Il appelle ensuite la criminelle.

Horatio arrive sur la scène du crime sans ses lunettes de soleil de marque, et lorsqu’il inspecte le corps, il voit que la femme s’est fait tirer dessus. Le meurtre ne date pas de longtemps puisque la décomposition est au minimum. Revenus de nos jours, Alexx Woods prend en charge Eric à son arrivée à l’hôpital.

1997. Horatio explique à Eric que l’on s’est débarrassé du corps de la femme mais que l’on ne lui a pas tiré dessus là où elle a été retrouvée car elle a un hématome et des contusions. Et alors qu’Eric lui demande comment il va faire pour savoir où elle a été tuée, Horatio lui répond de regarder et d’apprendre.
Horatio et Sullivan se rendent au domicile du mari, Steve Bowers, pour lui annoncer la mort de sa femme et lui posé des questions sur sa disparition. Le mari indique alors qu’il était près à prévenir la police de la route croyant que sa voiture était tombée en panne. Il précise qu’il était en voyage d’affaires mais qu’il est rentré car sa femme, Amy, ne répondait pas au téléphone. Sullivan trouve une boîte de balles où il en manque quelques une, ce qui semble impliquer le mari. Mais Horatio veut plus de preuves avant de conclure trop vite qu’il a tué sa femme. En effet, il a remarqué des traces de boue sur le plancher alors que les chaussures du mari sont propres. Horatio demande quel pourrait bien être le mobile mais Sullivan, persuadé de sa culpabilité, décide l’emmener au poste. Horatio inspecte le mur et voit que l’on a utilisé de la javel.

2009. Alors que Calleigh repense à ce qui est arrivé à Eric, Alexx vient la rassurer. Mais quand Calleigh lui demande si Eric va s’en sortir, pour toute réponse, elle la prend dans ses bras.

1997. Lors de l’autopsie d’Amy, Alexx retire une balle de son crâne et la donne à Horatio. Il s’aperçoit que c’est une balle de 9mm comme celles du mari. Il examine le corps d’Amy et constate qu’elle n’a pas dû se défendre n’ayant rien retrouvé sous ses ongles et ne voyant de traces défensives sur ses bras. Donc soit elle connaissait son assassin, soit elle a été prise par surprise.
Calleigh arrive pour son premier jour de travail à l’unité des enquêtes spéciales et cherche le lieutenant Fred Dorsey. Elle tombe sur Jesse Cardoza qui lui apprend que c’est son dernier jour puis il l’emmène au labo. Elle le remercie de son aide lorsque le lieutenant Dorsey fait son apparition et ne parait pas des plus chaleureux.
Alors qu’Horatio se renseigne sur les relations entre Amy et son mari auprès de leurs voisins, Jesse Cardoza vient lui demander s’il a besoin de son aide. Horatio vaut qu’il retourne dans la maison des Bowers à la recherche d’autres preuves quelqu’un ayant utilisé de la javel sur le mur du salon.
Dans la maison des Bowers, Cardoza trouve effectivement de la javel sur le mur du salon. Il enlève alors les prises du mur, puis les plinthes et découvre derrière celles-ci des traces de sang.
Fred Dorsey présente Calleigh Duquesne, sa nouvelle assistante à Horatio qui lui souhaite la bienvenue. Fred prévient Horatio que les différents composants de la balle retrouvée dans le corps d’Amy correspond au lot de balles retrouvé chez les Bowers. Calleigh intervient pour dire que l’analyse n’est pas correcte. Elle leur explique que la composition de balles emballées dans des lots différents et à des mois d’intervalles peut être la même donc tout le monde peut avoir tenu cette balle. Horatio propose de chercher d’autres pièces à conviction.
Horatio prend Calleigh à part pour lui dire qu’elle pose les bonnes questions et fait du bon boulot et propose qu’elle l’appelle Horatio.

2009. Eric se bat toujours pour sa vie et Ryan Wolfe et Frank Tripp se font faire des prises de sang.

1997. Horatio demande à l’officier Tripp s’il est intervenu pour violence domestique au domicile des Bowers. Tripp lui apprend qu’il est intervenu suite à une engueulade du couple mais rien de bien méchant, par contre, il y a eu un cas de voyeur près de la maison. Ce qui pourrait étayer la thèse selon laquelle une autre personne aurait été présente au moment de la mort d’Amy. Le voyeur en question s’appelle Arnold Hollings et a été embauché comme paysagiste par Amy.
Arnold Hollings est convoqué au poste et interrogé par Sullivan et Horatio qui remarque de la boue sur ses chaussures. Horatio le lui fait remarquer et Hollings lui répond que c’est normal étant jardinier. Mais quand Horatio lui dit qu’il y avait de la boue chez les Bowers alors qu’il a déclaré ne jamais être entré dans la maison, il avoue y être allé pour récupérer son argent qu’Amy mettait dans une enveloppe et précise qu’elle était sous la douche ayant entendu l’eau couler. Une fois Hollings parti, Horatio est persuadé qu’il est le coupable alors que Sullivan, ayant appris que Steve Bowers trompait sa femme et qu’il ne pouvait pas se payer un divorce, pense qu’il a tué sa femme pour s’en débarrasser tout simplement.

2009. Eric se fait opérer.

1997. Eric apporte la voiture d’Amy à l’unité où il rencontre, pour la première fois, Calleigh. Il tente de flirter avec elle el lui demandant son numéro de téléphone mais Calleigh lui rit au nez. Elle lui avoue qu’elle ne sortirait jamais avec quelqu’un qui soit lié, de près ou de loin, à son travail. Horatio arrive et demande à Eric s’il a trouvé sa paire de lunettes de soleil mais Eric attend de trouver la plus parfaite possible. En examinant la voiture, Horatio remarque que l’airbag s’est ouvert et Calleigh pense qu’il s’est ouvert lorsque la voiture a heurté du béton ou du métal. Horatio demande s’il ne pourrait pas y avoir des résidus d’explosif, suite à l’ouverture de l’airbag, sur le conducteur. Calleigh acquiesce et admire la déduction d’Horatio.
Ryan Wolfe examine le mur du salon et trouve des traces de sang pouvant provenir d’un coup à la tête. Il continue son examen et trouve une grande quantité de sang par terre que quelqu’un a nettoyé. Il pense que c’est le sang de la victime.
Alexx apprend à Horatio qu’Amy a été agressée sexuellement après sa mort. Mais l’eau des marais a effacé les traces de sperme et en conséquence, Alexx ne peut pas identifier l’agresseur.
Calleigh demande à Steve Bowers son polo sous un faux prétexte afin de trouver des traces de résidus d’explosif tandis qu’Horatio fait de même avec Arnold Hollings. Des traces de résidus d’explosif de l’airbag se trouvent sur le vêtement d’Hollings mais pas sur celui de Steve Bowers. Le conducteur de la voiture était donc Arnold Hollings.
Horatio amène les preuves à la Direction mais le responsable dit que l’indice ne prouve pas qu’il était le conducteur, juste qu’il était dans une voiture dont l’airbag s’est déclenché. De plus, il est d’accord avec Sullivan qui est passé avant lui.

2009. Eric est toujours entre la vie et la mort. Horatio se tient à son chevet et lui parle de Marisol qu’il doit être tenté de rejoindre. Très affecté, il lui dit ne pas être prêt à se séparer de lui. Il se rappelle de ceux qu’il a déjà perdus, comme Ray et Speed, et avoue à Eric qu’il ne lui reste plus que lui. Il lui demande de se battre.

1997. Eric emmène Horatio voir un rail de sécurité endommagé. Il remarque l’impact où a eu lieu le choc puis des traces de pas dans la boue qui indique que le coupable s’est enfui et a appuyé sur ses jambes comme s’il voulait jeter quelque chose. Horatio pense tout de suite à l’arme et Eric l’emmène vers un collecteur de drainage où il trouve un 9 mm. Horatio le félicite pour son travail.
Cardoza continue d’examiner la maison des Bowers et trouve des traces de sang sur une vitre qui ne semblent pas être à leur place.
Sullivan vient voir Horatio pour lui dire qu’il est persuadé de tenir le coupable en la personne de Bowers. Cardoza rejoint ensuite Horatio qui lui demande d’expliquer les traces de sang de la vitre. Mais Cardoza n’a rien qui puisse expliquer leur trajectoire. Avant qu’il ne parte, Horatio demande un dernier service à Cardoza. Ils se rendent de nouveau chez les Bowers afin de reconstituer la scène du crime. En faisant une simulation et avec la climatisation en route, le sang gicle sur la vitre. Ce qui signifie que le meurtrier a du sang de la victime sur lui.
Ils font un examen sur Arnold Hollings et trouvent des traces de sang dans ses narines. Mais l’échantillon est trop faible pour faire un test et s’il ne le teste pas, ils ne pourront pas arrêter Hollings. Horatio propose de multiplier les échantillons en faisant appel à une amie qui lui doit une faveur.
L’agent en question est Diane Reed qu’il a aidée à attraper un tueur en série. Elle multiplie l’ADN trouvée et vérifie que c’est bien celui d’Arnold Hollings. L’ADN et le sang correspondent. Arnold Hollings est bien l’assassin d’Amy Bowers.
Horatio amène le rapport de preuves à la Direction et Arnold Hollings est accusé de meurtre au premier degré. Devant Horatio, Steve Bowers est libéré alors qu’Arnold Hollings est emprisonné. Steve Bowers fait un signe de remerciement à Horatio et Sullivan vient le prévenir que le chef veut lui parler.
Jesse Cardoza prend ses affaires et félicite Horatio car il vient d’apprendre que le chef veut qu’il dirige une équipe d’enquêteurs spéciaux. Horatio lui apprend que son équipe portera le nom de CSI. Puis, Cardoza le remercie et Horatio lui souhaite bonne chance. Pour sa prochaine équipe, Cardoza lui donne le nom de Tom Speedle, un chic type. Horatio promet de l’appeler et Cardoza s’en va. Une fois seule, il enlève sa cravate et voit Eric Delko se garer juste en face de lui. Il sort de la voiture avec une paire de lunettes de soleil dans les mains. Horatio le remercie et lui suggère d’aller à l’école de police pour obtenir son badge et ensuite de revenir le voir. Puis, il met les lunettes.

2009. L’équipe est auprès d’Eric et attend son réveil. Celui-ci ouvre les yeux et Horatio sourit, soulagé.