TNT a annoncé le renouvellement de The Last Ship pour une saison 3 composée de 13 nouveaux épisodes.
Pendant 4 mois, le Destroyer U.S.S Nathan James était en silence-radio. Lorsqu'ils ont repris contact avec leur hiérarchie, l'équipage a découvert avec stupeur que le monde est à feu et à sang. Un virus a décimé la planète. Ils sont une lueur d'espoir pour un monde plongé dans le chaos. Rachel Scott (Rhona Mitra), une paléo-microbiologiste, semble l'une des seules à pouvoir fabriquer un vaccin pour sauver le peu d'humains survivants. Le Capitaine Chandler (Eric Dane) et son équipage vont devoir affronter des ennemis qui veulent eux-aussi le vaccin pour contrôler le monde.
La saison 2 reprend immédiatement après les événements de la fin de la saison 1. L'équipage pense en avoir fini avec leur mission. Granderson a les moyens de produire massivement le vaccin conçu par Scott mais lorsqu'ils découvrent ce à quoi correspond Olympus, ils savent ce qu'ils doivent faire. Le Navire a été pris d'assaut par les forces de Granderson ; Slattery (Adam Baldwin) et Doc Rios (Maximiliano Hernandez) tentent de sauver Quincy (Sam Spruell), grièvement blessé, les soldats de Granderson sont persuadés que Quincy sait où est la souche primaire du vaccin dont ils ont besoin. Kara (Marissa Neitling) a été emmenée de force sur terre après qu'ils aient découvert qu'elle était immunisée mais surtout enceinte, Alisha Granderson (Christina Elmore) est détenue contre son gré par sa mère. Après avoir retrouvé sa famille, Chandler met un plan d'action en place avec Danny (Travis Van Winkle), Burk (Jocko Sims) et Jeter (Charles Parnell). Tex (John Pyper-Ferguson) a quitté Rachel pensant la laisser entre de bonnes mains mais lorsqu'il rencontre un survivant, il découvre l'horrible vérité et trouve un moyen d'entrer dans le complexe détenu par Granderson.
Granderson ne sera pas l'ennemi principal de cette saison. Le vide laissé sur le continent américain permet à des profiteurs de se servir de leur immunité pour prendre les rênes des États-Unis. Le Nathan James n'en a donc pas fini de se battre pour soigner la planète.