Depuis qu'il a cru voir Max mourir sous ses yeux il y a de cela quelques mois, Logan est obsédé par l'idée de détruire Manticore. Il est aidé par Asha, jeune femme membre d'un groupe de militants nommé S1W, qui pense travailler pour Eyes Only sans se douter qu'il s'agit de Logan. Lydecker fournit également de précieuses informations, et Logan se trouve sur le point de découvrir la localisation de Manticore.

De son côté, Max est toujours en vie grâce au coeur que Zack lui a donné. Après avoir subit de longues séances de réendoctrinement, elle a décidé de suivre les ordres sans broncher. Tout ceci n'est qu'une mascarade puisqu'elle tente une nouvelle fois de s'échapper des locaux. Dans les sous-sols de Manticore, elle fait la connaissance du premier transgénique créé. Il s'appelle Joshua, arbore un visage mi-humain mi-canin, et est l'un des nombreux transgéniques inhumains enfermés ici. Parallèlement, un clone de son frère Ben lui a été assigné comme partenaire d'accouplement. Les X5 sont désormais obligés de se reproduire depuis que la base de données a été détruite, ne permettant plus leur création par clonage. L'antipathie entre Max et celui qu'elle baptise Alec est immédiate. Mais celui-ci l'aide finalement à s'enfuir, préférant être débarassé d'elle.

Max retourne immédiatement chez Logan afin de l'avertir du danger qu'il court. Heureux de se retrouver, ils s'embrassent. Mais Logan tombe immédiatement malade. Alec surgit et informe Max qu'elle est porteuse d'un virus mortel n'atteignant que Logan, transmissible au moindre contact physique. En effet, celui-ci a été blessé lors d'une fusillade et Renfro s'est servit de son sang laissé sur les lieux pour mettre au point ce virus. La facilité avec laquelle Max s'est échappée n'était qu'un piège afin d'atteindre Logan. Renfro possède le seul antidote existant, qu'elle livrera si Max se rend et donne toutes les informations que possède Eyes Only.

Max décide de diffuser la dernière émission d'Eyes Only, révélant la localisation de Manticore. Renfro n'a pas d'autre choix que de tout détruire, y compris les transgéniques. Max arrive à temps pour libérer ses compagnons de leurs cellules et d'une mort certaine. Elle récupère l'antidote et dans la panique générale, est sauvée par Renfro. Celle-ci lui explique avant de succomber à ses blessures que ses tests ont révélé certaines spécificités chez Max. Elle est celle qu'ils recherchaient et doit absolument retrouver Sandeman. Il s'agit du créateur de Manticore, celui que Joshua appelle "père". Logan est guérit mais ne peut plus toucher Max au risque de recontracter le virus. Il lui demande d'être prudente, car désormais ce sont des centaines de transgéniques qui sont lâchés dans le monde. Et les gens ont peur de ce qui est différent.